Основные направления деятельности Института зоологии: получение новых знаний о современном состоянии животного мира Казахстана, установление закономерностей динамики популяции беспозвоночных и позвоночных животных в зависимости от состояния окружающей среды, а также таксономического многообразия фаун древних геологических эпох и научное обоснование внедрения результатов в практику геологических служб республики; изучение эволюции, филогении, таксономического многообразия современного и древнего животного мира и научное обоснование внедрения новых эффективных разработок,  осуществленных на базе научных исследований; решение зоологических проблем, имеющих социально-экономическую и экологическую значимость; использование соответствующих научных достижений в Республике Казахстан.